A Comissão Disciplinar é o órgão disciplinador, subordinada à Direção da Escola de Ecoesporte, sendo constituída por três associados nomeados pela direção de entidade de prática.

A função da Comissão Disciplinar é julgar, investigar e acolher ou não, qualquer protesto que lhe seja dirigido, bem como, por si só apurar irregularidades e atitudes de indisciplina por parte dos alunos e aplicar sansões cabíveis.